刑事案件中扣押财物的保管费应当由作出决定的行政机关支付。以下是对此结论的详细分析：

一. 一般情况下的费用承担

• 根据《中华人民共和国行政强制法》第二十六条明确规定：“对查封、扣押的场所、设施或者财物，行政机关应当妥善保管，并承担因此产生的保管费用。”这一规定明确指出了保管费用的承担主体为行政机关，旨在防止行政机关随意转嫁保管成本，从而保护当事人的合法权益。
• 例如，在刑事案件侦查过程中，公安机关对涉案财物进行扣押，并需进行妥善保管。此时，根据法律规定，因扣押产生的保管费用应由公安机关承担。

二. 特殊情况下的费用承担分析

• 虽然在一般情况下保管费用由行政机关承担，但也存在特殊情况。然而，这些特殊情况在刑事案件中较为罕见，且必须有明确的法律依据或合理的司法判定理由。
• 值得注意的是，即使存在特殊情况，也需遵循法律法规的明确规定，并确保当事人的合法权益得到保障。

三. 行政机关委托第三人保管的情况

• 行政机关在特殊情况下可以委托第三人保管被扣押的财物，但第三人不得损毁或擅自转移、处置财物。
• 因第三人的原因造成的损失，行政机关需先行赔付后，再向第三人追偿。
• 重要的是，即使行政机关委托了第三人保管，因扣押发生的保管费用仍然由行政机关承担，不得向当事人或第三人转嫁。

总结：综上所述，在刑事案件中，扣押财物的保管费应当由作出决定的行政机关支付。这是法律规定的明确原则，旨在保护当事人的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。