签证单上只有甲方一个签字，在通常情况下是有效的。下面我来详细解释一下：

在合同纠纷中，签证单作为双方对某一事项或某一阶段工作成果的确认，其签字效力是至关重要的。一般来说，只要甲方在签证单上签了字，就代表着甲方对该事项或工作成果的认可，即使甲方没有额外写明意见，也可以默认为其已经同意。这是因为，如果甲方有不同意见，理应会在签证单上明确注明，甚至选择拒签。

当然，这里也存在一些特殊情况。比如，如果双方之前的合同中有明确规定，签证单需要双方签字并盖章才能生效，那么只有甲方一个签字可能就不足以使签证单生效。或者，如果甲方签字的人员并没有得到甲方的授权，那么其签字也可能被视为无效。

因此，在具体判断签证单上只有甲方一个签字是否有效时，还需要结合双方合同的约定以及签字人员的权限等因素来综合考虑。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更准确的法律建议。