针对您提出的“合同签订但三年后才发现不合格怎么办”的问题，首先我们需要明确“不合格”的具体含义以及可能涉及的法律后果。这里，我假设“不合格”指的是合同项下的产品或服务未达到合同约定的标准或要求。以下是我根据您的问题给出的详细解答：

1. 确认不合格的性质与原因：

   • 首先，您需要明确不合格的具体表现，是产品质量问题、服务未达标，还是其他方面的违约行为。
   • 接着，分析不合格的原因，是由于对方违约、欺诈，还是因不可抗力等因素导致。

2. 依据合同条款寻求救济：

   • 检查合同中是否有关于产品质量、服务标准、违约责任等条款，以及是否约定了检验期、异议期等。
   • 如果合同中明确了不合格的处理方式，如退货、换货、赔偿等，您可以直接依据合同条款要求对方承担相应的责任。

3. 考虑合同撤销或变更的可能性：

   • 如果不合格是由于对方在签订合同时存在欺诈、胁迫等情形，或者合同本身存在重大误解、显失公平等，您可能有权向法院或仲裁机构申请撤销或变更合同。但请注意，撤销权的行使通常受到时间限制，一般为知道或应当知道撤销事由之日起一年内。

4. 协商与诉讼的选择：

   • 在发现不合格后，您可以首先尝试与对方进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 如果协商无果，且不合格给您造成了实际损失，您可以考虑通过诉讼或仲裁的方式维护自己的合法权益。在诉讼或仲裁过程中，您需要提供充分的证据来证明对方的不合格行为以及由此给您造成的损失。

5. 注意保留证据与诉讼时效：

   • 无论选择哪种方式，都要注意保留相关证据，如合同文本、交易记录、检验报告等。
   • 同时，要注意诉讼时效的问题。根据法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。因此，您需要在诉讼时效期间内提起诉讼或仲裁。

综上所述，合同签订后三年才发现不合格，您需要根据具体情况采取相应的措施。如果合同中有明确条款，可以直接依据条款处理；如果涉及合同撤销或变更，需要尽快行使权利；如果协商无果，可以考虑通过诉讼或仲裁的方式解决。在整个过程中，都要注意保留证据和关注诉讼时效问题。如有进一步的法律问题，您可以随时向我咨询。