担保公司代偿后起诉法院，违约金一般不能取消。以下是详细分析：

在债务债权关系中，担保公司作为担保人，为债务人向债权人提供担保，当债务人无法履行债务时，担保公司需按照担保合同的约定承担代偿责任。代偿后，担保公司有权向债务人追偿，包括代偿的本金、利息以及因代偿而产生的其他费用，如违约金等。

1. 违约金的性质：

   • 违约金是担保合同中的一项重要条款，用于约束债务人的履约行为。
   • 当债务人违约时，违约金作为对担保公司损失的一种补偿，具有惩罚性和补偿性双重性质。

2. 违约金的取消条件：

   • 一般来说，违约金条款在担保合同中是有明确约定的，且受法律保护。
   • 除非担保合同中有特别约定，或者债务人有充分证据证明违约金过高且不合理，否则违约金不能被轻易取消。

3. 法院的处理原则：

   • 在担保公司代偿后起诉债务人的案件中，法院会依据担保合同的约定以及相关法律法规来审理。
   • 如果担保合同中明确约定了违约金，且该违约金条款不违反法律法规的强制性规定，法院通常会支持担保公司关于违约金的诉讼请求。

4. 建议与注意事项：

   • 对于债务人而言，在签订担保合同时应仔细审查合同条款，特别是关于违约金的部分，以避免日后产生不必要的纠纷。
   • 如果担保公司代偿后提起了诉讼，债务人应积极应诉，并寻求专业律师的帮助来维护自己的合法权益。

综上所述，担保公司代偿后起诉法院，违约金一般不能取消。除非有特别约定或充分证据支持，否则债务人需按照担保合同的约定承担违约金责任。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。