监事会工作制度由国务院制定。具体分析如下：

一. 法律依据

• 根据《国有企业监事会暂行条例》第一条：“为了健全国有企业监督机制，加强对国有企业的监督，制定本条例。”以及第二条：“国有重点大型企业监事会（以下简称监事会）由国务院派出，对国务院负责，代表国家对国有重点大型企业的国有资产保值增值状况实施监督。”可以看出，监事会的设立及其工作制度的制定，均是为了加强对国有企业的监督，且由国务院负责。

二. 制度内容

• 监事会的工作制度包括但不限于其职责、监督方式、检查频率、成员组成、任期、回避原则、费用来源、成员行为准则等，这些均在《国有企业监事会暂行条例》中进行了详细规定。

三. 制定主体

• 既然《国有企业监事会暂行条例》是为了健全国有企业监督机制而制定，且监事会由国务院派出并对国务院负责，那么监事会的工作制度自然也应由国务院制定。

综上所述，监事会工作制度由国务院制定，以确保其能够有效履行对国有企业的监督职责。如有进一步需要，您可以继续咨询我。