当答疑回复与合同协议书的内容存在冲突时，我们应当以合同协议书为准。下面我来详细解释这一结论：
一、核心结论
在合同纠纷中，如果答疑回复（可能是口头或书面的解释、说明）与合同协议书（双方正式签订的书面合同）的内容发生冲突，那么应当优先遵循合同协议书的规定。因为合同协议书是双方经过协商达成一致后签订的，具有法律约束力，而答疑回复往往只是对某些问题的解释或说明，其法律效力通常不及合同协议书。
二、详细分析
合同协议书的法律地位：
- 合同协议书是双方意思表示一致的产物，是民事法律行为的重要形式。
- 它明确记载了双方的权利和义务，是处理合同纠纷的重要依据。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同自成立时生效，对当事人具有法律约束力。
答疑回复的性质：
- 答疑回复通常是对合同某些条款的解释、说明或补充，其目的是为了帮助双方更好地理解合同内容。
- 它并不构成合同的一部分，也不具有与合同协议书同等的法律效力。
冲突处理原则：
- 当答疑回复与合同协议书发生冲突时，应当遵循“书面优于口头”的原则，即优先采纳书面合同的内容。
- 这是因为书面合同具有明确性、稳定性和可追溯性，能够更好地保护双方的合法权益。
特殊情况处理：
- 如果答疑回复是双方对合同内容的共同确认或修改，并且以书面形式体现（如补充协议），那么该回复可能与合同协议书具有同等的法律效力。
- 在这种情况下，如果发生冲突，应当结合具体情况进行综合判断，并可能需要根据相关法律法规或司法解释来确定优先适用的文本。
三、操作建议
- 在签订合同时，双方应当认真阅读并理解合同条款，确保合同内容的清晰性和准确性。
- 如果对合同内容有疑问或需要解释，应当及时与对方沟通并达成一致意见，必要时可以签订补充协议来明确相关内容。
- 在处理合同纠纷时，应当优先依据合同协议书的内容来解决问题，如果确实存在争议或不明确之处，可以寻求专业律师的帮助进行解读和判断。
综上所述，当答疑回复与合同协议书存在冲突时，我们应当以合同协议书为准。这是基于合同协议书的法律地位、答疑回复的性质以及冲突处理原则所得出的结论。希望这个解释能够帮助您更好地理解这一问题。