对于村长包庇村民违建厂房的情况，应当通过向相关部门举报或申请行政处罚来处理。具体分析如下：

一. 向相关部门举报

• 村长作为村级管理者，若包庇村民违建厂房，实际上是违反了土地管理和城乡规划的相关法律法规。在此情况下，其他村民或相关利益人可以向所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门或土地行政主管部门进行举报。
• 举报时，应提供尽可能详细的违建信息，如违建地点、违建规模、违建时间以及村长包庇的具体证据等，以便相关部门能够及时、准确地进行调查处理。

二. 申请行政处罚

1. 依据《中华人民共和国城乡规划法》：若村民未经批准进行临时建设，或未按照批准内容进行临时建设，或临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，并可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款。这一规定同样适用于村中的违建厂房。
2. 依据《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例：对于违反土地管理法律、法规的行为，县级以上人民政府土地行政主管部门有权进行监督检查，并依法给予行政处罚。若村长包庇违建行为，上级人民政府自然资源主管部门有权责令有关自然资源主管部门作出行政处罚决定或者直接给予行政处罚，并给予有关自然资源主管部门的负责人处分。

我建议，在处理此类问题时，应保留好相关证据，如照片、视频、书面材料等，以便在需要时提供证明。同时，若个人处理存在困难，可以考虑寻求专业法律援助或咨询相关部门以获取更具体的指导。如有进一步需要，您可以继续咨询我。