当公司多发工资而员工拒不退还时，这确实是一个需要妥善处理的问题。以下是一些详细的建议和步骤，帮助您解决这一问题：
一、明确法律性质与后果
首先，要明确的是，多发工资在法律上属于不当得利。根据《民法典》的相关规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。因此，员工有责任退还多发的工资。
如果员工拒不退还，公司有权通过法律途径追讨，并且员工可能需要承担因此产生的诉讼费用等相关费用。在极端情况下，如果数额较大且经公司催告后仍拒不退还，员工甚至可能涉嫌侵占罪，面临刑事责任。
二、协商沟通
初步沟通：公司应首先与员工进行友好沟通，明确告知多发工资的事实，并要求其退还。这个过程应保留相关的沟通记录，如邮件、聊天记录等，作为后续处理的证据。
说明后果：在沟通中，可以向员工解释拒不退还的法律后果，包括可能面临的民事诉讼、诉讼费用以及潜在的刑事责任，以促使其主动退还。
三、法律途径
如果协商无果，公司可以采取以下法律途径：
申请劳动仲裁：公司可以准备工资发放记录、员工工资标准、劳动合同等证据，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工返还多发工资。
提起诉讼：如果员工对仲裁结果不服或拒不履行仲裁裁决，公司可以向人民法院提起诉讼。在诉讼中，公司需要提供充分的证据证明多发工资的事实以及员工拒不退还的情况。
申请强制执行：如果公司胜诉但员工仍不履行判决，公司可以向法院申请强制执行，通过法律手段强制员工退还多发的工资。
四、其他注意事项
及时处理：公司发现多发工资后应及时采取行动，避免问题拖延导致证据丢失或法律程序复杂化。
保留证据：在整个处理过程中，公司应妥善保留所有相关证据，包括工资发放记录、沟通记录、劳动合同等，以备不时之需。
考虑利息问题：如果多发工资长时间未退还，公司可以考虑要求员工支付相应的利息。但这一点需要在法律程序中明确提出并提供相关证据支持。
综上所述，当公司多发工资而员工拒不退还时，公司应首先通过协商沟通解决；协商无果后，可以依法采取劳动仲裁、诉讼等法律途径追讨；在整个过程中，公司应保留好相关证据并及时处理问题。