工程居间费用超过5%并不直接构成违法。具体分析如下：

一. 工程居间费用的性质

• 工程居间费用是居间人（通常指中介或代理人）为促成工程合同双方交易而收取的报酬。这种费用是基于双方自愿、平等协商的基础上确定的，属于民事法律行为范畴。

二. 法律对居间费用的规定

• 在我国现行法律体系中，并未明确规定工程居间费用的具体比例或上限。《中华人民共和国民法典》等相关法律法规主要对居间合同的形式、内容、双方权利义务等进行了规定，但并未涉及居间费用的具体数额或比例。
• 重点内容：因此，从法律层面来看，工程居间费用超过5%并不直接违反法律规定。

三. 实际操作中的考虑

• 尽管法律没有明确规定居间费用的比例，但在实际操作中，过高的居间费用可能会引发双方的争议或不满。因此，在确定居间费用时，双方应充分考虑市场行情、服务内容、服务质量等因素，进行公平合理的协商。
• 如果居间费用过高且存在不当得利、欺诈等违法行为，那么可能会受到法律的制裁或调整。但这并不意味着超过某一具体比例（如5%）就构成违法。

综上所述，工程居间费用超过5%并不直接构成违法。但双方在确定居间费用时，应遵守公平、自愿、诚实信用的原则，确保费用的合理性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。