工程居间费一般不能超过合同总金额的5%。这是因为在税务和法律实践中，超过这一比例的居间费可能需要纳税调增，并且在法律纠纷中，法院往往只支持最多5个点的居间费，超过部分可能不被认可。

具体来说：

1. 税务规定：支付居间费的公司，在列支居间费时，若超过合同总金额的5%，则可能需要进行纳税调增。这是税务部门对居间费用合理性的一个限制。
2. 法律实践：在居间业务发生前，双方应签订受法律保护的合同。若因居间费问题发生纠纷并诉至法院，法官通常会支持最多5个点的居间费。超过这一比例的部分，在法律上可能不被认可，即无法作为合法费用进行主张。

因此，建议在签订居间合同时，双方应明确居间费的比例，并确保其不超过合同总金额的5%，以避免可能的税务和法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。