工程居间费用超过3%并不直接构成违法，但其合法性及具体影响需从多个角度进行综合分析。以下是对此问题的详细解答：
一、法律层面分析
居间合同的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第九百六十一条的规定，中介合同（即居间合同）是中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。因此，只要居间行为本身合法，且双方自愿签订合同，居间费用的约定就是合法的。
费用比例无明确限制：
- 我国现行法律法规并未明确规定工程居间费用的具体比例或上限。这意味着，从法律角度来看，居间费用超过3%并不直接构成违法。双方可以在合同中自由约定居间费用的金额或比例，只要该约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。
二、税务与合规性分析
个人所得税：
- 居间费属于个人所得税中的劳务报酬所得，居间人需要按照相关规定缴纳税款。如果居间人未依法申报纳税，则可能面临税务处罚，包括罚款、滞纳金等，甚至可能构成犯罪。
发票开具：
- 居间人应按照规定开具发票，并如实申报收入。如果未按规定开具发票或隐瞒收入，将违反税收法规，同样可能面临税务处罚。
三、行业规范与合同效力分析
行业惯例：
- 虽然法律没有规定居间费用的具体比例，但在某些行业或地区可能存在不成文的惯例或标准。然而，这些惯例或标准并不具有法律效力，不能作为判断居间费用是否合法的唯一依据。双方仍应以合同约定为准。
合同效力：
- 居间费用的约定应体现在合同中，并遵循公平、自愿的原则。如果合同中存在显失公平的条款或欺诈、胁迫等情形，可能导致合同无效或部分无效。因此，在签订居间合同时，双方应确保合同内容合法、有效，并明确约定居间费用的金额、支付方式及时间等条款。
四、实际操作中的法律风险与建议
法律风险：
- 尽管居间费用超过3%不直接违法，但如果居间行为涉及不正当竞争、商业贿赂等违法行为，将承担相应的法律责任。此外，如果居间费用明显过高或不合理，且无法合理解释其合理性，可能引发监管部门的关注或司法审查，进而影响合同的效力。
建议：
- 遵循原则：居间人在提供服务时，应遵循公平、合理、诚实信用的原则，确保所收取的费用与服务内容相匹配。
- 合规操作：遵守相关法律法规和行业规范，避免因为不合规操作而引发的法律风险和道德争议。
- 留存证据：为确保交易的合法性，建议双方留存相关的合同、支付凭证等证据，以保障各自的合法权益。
- 充分了解：委托人在选择居间服务时，应充分了解服务内容和费用情况，避免因不了解而产生不必要的纠纷和风险。
综上所述，工程居间费用超过3%并不直接违法，但其合法性及具体影响需综合考虑合同双方的意愿、合同内容的合法性以及是否存在其他违法行为。在涉及高额居间费用时，建议双方谨慎处理，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。