工程款支付证书盖了假章并不一定无效。这个问题需要从多个角度来分析：

1. 假章的法律效力：

   • 一般来说，如果工程款支付证书上盖的是假章，这确实可能影响到该证书的法律效力。因为假章意味着签名或盖章的行为并非出自真实的意愿或授权，这可能导致该行为被视为无效。
   • 然而，如果盖章的行为虽然用的是假章，但有其他证据能够证明该行为得到了相关方的真实授权或追认，那么该行为仍然可能被视为有效。

2. 合同双方的约定：

   • 在建设工程合同中，双方可能会就工程款支付证书的有效性、盖章要求等作出明确约定。如果合同中规定了特定的盖章要求，而实际盖章不符合这些要求，那么根据合同约定，该支付证书可能被视为无效。
   • 但如果合同中没有明确规定盖章的具体要求，或者虽然规定了但双方在实际履行中形成了默认或习惯的做法，那么即使盖的是假章，也不一定影响支付证书的有效性。

3. 第三方的信赖利益：

   • 如果工程款支付证书已经提交给了第三方（如银行、税务机关等），并且第三方已经基于该证书进行了相应的处理或支付，那么即使后来发现该证书上盖的是假章，也可能因为保护第三方的信赖利益而认定该证书在某种程度上仍然有效。

4. 法律后果与救济途径：

   • 如果因为盖假章导致工程款支付证书被认定为无效，那么可能会引发一系列的法律后果，如工程款无法支付、违约责任等。
   • 在这种情况下，相关方可以通过法律途径寻求救济，如起诉要求确认支付证书的有效性、追究盖假章者的法律责任等。

综上所述，工程款支付证书盖了假章并不一定无效，具体还需要根据合同的约定、双方的实际行为、第三方的信赖利益以及相关的法律后果来综合判断。因此，在实际操作中，如果遇到类似的情况，建议尽快咨询专业律师进行详细的法律分析和评估。