工程结算值小于工程进度款的情况，通常涉及合同约定的履行、价款调整及双方权益保障等多个方面。针对这一问题，可以从以下几个方面进行分析和处理：

一. 依据合同约定处理

1. 参照施工合同结算：根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。因此，在工程结算值小于工程进度款的情况下，应首先参照施工合同的约定来结算工程价款。如果合同中有关于此类情况的明确约定，则应按照约定执行。

2. 变更合同条款：如果合同约定的工程量发生了变化，导致结算值小于进度款，双方可以通过协商一致对合同进行变更，以反映实际的工程量和对应的结算价。

二. 按定额或实际成本结算

1. 按定额结算：如果合同未明确约定或约定不明，且双方无法就变更达成一致，可以考虑按照施工成本价或定额进行结算。这种方式对双方均无损失，且有利于维护合同的稳定性和平衡双方利益。

2. 实际成本考量：在实际操作中，可以计算工程的实际成本，并以此为基础进行结算。这要求双方对已完成工程量的成本进行准确核算，以确保结算的公平性和合理性。

三. 处理差额与争议

1. 差额处理：如果合同约定价款与成本价之间存在差额，可以将此差额作为损失计入。具体处理方式需根据合同约定及双方协商结果确定。

2. 争议解决：如果双方就结算值小于进度款的问题产生争议，首先应通过友好协商解决；协商不成的，可以选择通过仲裁或诉讼等法律途径解决争议。在此过程中，双方应提供充分的证据来支持自己的主张。

四. 其他注意事项

1. 工程质量与验收：在处理结算问题时，不应忽视工程质量。如果工程存在质量问题或未经竣工验收合格，发包方有权拒绝支付或要求承包方进行整改。

2. 工程进度与款项支付：工程进度款的支付通常与工程进度挂钩。因此，在处理结算问题时，也需考虑工程进度是否符合合同约定以及款项支付是否及时、合理。

我的建议：在处理工程结算值小于工程进度款的问题时，双方应首先依据合同约定进行协商处理；若合同未明确约定或约定不明，则可根据实际情况选择按定额或实际成本结算；同时，双方应保持沟通顺畅，及时解决争议，以维护合同的稳定性和双方权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。