结论前置：在合同本应签三方却签成了两方的情况下，最终用户是否可以付款，这主要取决于合同的具体内容以及双方（或单方）的意愿。若合同中有明确约定付款条件，且当前情况满足这些条件，则用户通常需要按约付款。若合同未明确约定或当前情况不满足付款条件，则用户有权拒绝付款，并可能涉及合同违约责任的讨论。
详细分析：
合同内容决定付款义务：
- 首先，要仔细审查合同内容，特别是关于付款条件、付款时间、付款方式以及违约责任等条款。
- 如果合同中明确规定了在某些条件下用户需要付款，且当前情况符合这些条件，那么用户就应当按照合同约定履行付款义务。
双方意愿与协商：
- 如果合同未明确约定付款条件，或者当前情况与合同约定不符，那么用户可以与合同另一方进行协商，明确付款事宜。
- 在协商过程中，双方可以就付款金额、付款时间、付款方式等细节进行讨论，并达成新的协议。
违约责任与风险：
- 如果用户拒绝付款，且合同中有关于违约责任的约定，那么用户可能需要承担相应的违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
- 此外，拒绝付款还可能影响用户的商业信誉和后续合作机会，因此，在做出决定前，用户应当充分评估风险并谨慎行事。
法律救济途径：
- 如果因合同问题产生纠纷，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。
- 在此过程中，用户可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
综上所述，在合同本应签三方却签成了两方的情况下，用户是否可以付款需要综合考虑合同内容、双方意愿以及违约责任等因素。如果合同中有明确约定且当前情况满足付款条件，则用户应当履行付款义务；如果合同未明确约定或当前情况不满足付款条件，则用户可以与合同另一方进行协商并评估风险后做出决定。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。