针对“员工签署完赔偿协议后发现员工有违纪行为”这一问题，核心在于如何处理这一后续发现的违纪情况。以下是我的分析：

1. 首先明确赔偿协议的内容：

   • 需要仔细回顾赔偿协议的具体条款，特别是其中是否包含了对员工违纪行为的处理规定或相关保留权利。
   • 如果协议中明确规定了发现违纪行为后的处理方式（如撤销赔偿、追加处罚等），则按照协议约定执行。

2. 评估违纪行为的性质与后果：

   • 根据公司规章制度和劳动法律法规，评估该违纪行为的性质（如轻微、严重、特别严重）以及可能带来的后果。
   • 考虑违纪行为是否对赔偿协议的基础（如员工无过错或特定条件下的补偿）产生了根本性影响。

3. 与公司法务或人力资源部门沟通：

   • 及时与公司法务或人力资源部门沟通，了解公司内部对于此类情况的处理流程和规定。
   • 共同商讨是否需要对员工采取进一步的纪律处分措施，以及这些措施与已签署的赔偿协议之间的协调问题。

4. 考虑法律风险和合规性：

   • 在处理过程中，需确保所有措施均符合劳动法律法规和公司规章制度的要求，避免引发新的法律风险。
   • 如需对员工采取不利措施（如解除劳动合同、追回赔偿等），应确保有充分的法律依据和证据支持。

5. 与员工进行沟通：

   • 在采取任何措施之前，建议与员工进行坦诚沟通，告知其违纪行为被发现的情况，并听取其解释和意见。
   • 如有可能，可尝试与员工协商达成新的解决方案，以维护双方利益。

综上所述，处理员工签署完赔偿协议后发现违纪行为的情况，需要综合考虑赔偿协议的内容、违纪行为的性质与后果、公司内部规定以及法律风险和合规性等多个方面。在具体操作中，应谨慎行事，确保所有措施均合法合规且合理公正。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。