公司发1000元工资是否合法，需要根据具体情况来判断。

首先，要参考您所在地区的法定最低工资标准。如果公司发放给您的工资低于该标准，那么这种行为是不合法的。根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条规定，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

其次，还需要查看您与雇主之间签订的劳动合同中有关薪资的条款，比如金额、结构和发放形式等。如果劳动合同中明确约定的工资数额高于1000元，而公司实际只发放了1000元，那么这也是不合法的。

此外，您是否按规定履行了劳动合同中的义务，如出勤率、违规与否等因素也会对工资发放产生影响。如果您履行了合同义务，而公司无故克扣工资，那么您可以向劳动行政部门投诉，要求用人单位支付不足部分的工资。

综上所述，要判断公司发1000元工资是否合法，需要综合考虑最低工资标准、劳动合同约定以及您的实际履约情况。如果您有具体的细节或疑问，可以提供更多信息，以便我给出更精确的法律建议。