收银员偷钱，协议赔偿不合法，应当依法承担刑事责任。具体分析如下：

一. 收银员偷钱的行为性质

1. 职务侵占或盗窃：收银员利用其职务上的便利，将单位财物非法占为己有，若其属于公司、企业或其他单位的工作人员，则可能构成职务侵占罪；若其并不具有上述身份，则可能构成盗窃罪。这两种罪行均属于刑事犯罪，需依法承担刑事责任。
2. 不涉及民事赔偿：收银员偷钱的行为，主要侵犯的是单位或他人的财产权，属于刑事法律的调整范畴。此行为并不直接产生民事法律关系，因此，协议赔偿在此情况下并不适用。

二. 协议赔偿的适用范围

1. 民事纠纷：协议赔偿通常用于解决民事纠纷，如合同纠纷、侵权纠纷等。在这些纠纷中，当事人可以通过协商达成赔偿协议，以弥补受损方的损失。
2. 不适用于刑事犯罪：对于刑事犯罪，如收银员偷钱这种行为，应当通过刑事法律程序进行处理，包括立案、侦查、起诉、审判等。赔偿问题应当在刑事诉讼过程中或刑事判决生效后，通过追缴赃款、退赔等方式解决，而不是通过协议赔偿。

三. 法律建议

1. 依法处理：对于收银员偷钱的行为，应当及时向公安机关报案，由公安机关依法进行调查处理。若构成犯罪，将依法追究其刑事责任。
2. 追缴赃款：在刑事诉讼过程中，公安机关会依法追缴赃款，并将其退还给受害单位或个人。这是刑事法律程序中的一部分，无需通过协议赔偿来解决。

综上所述，收银员偷钱的行为属于刑事犯罪，应当依法承担刑事责任，而不是通过协议赔偿来解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。