公安机关见证人签字不会留案底。

首先，我们需要明确“案底”的含义。在法律上，“案底”通常指的是一个人是否有犯罪记录，即是否被法院判定有罪并记录在案。而公安机关的见证人签字，仅仅是在某些法律程序中，如询问笔录、搜查笔录等，作为见证人确认相关程序的合法性和真实性的一种行为。

接下来，我们分析见证人签字的法律性质。见证人签字是公安机关在办理案件过程中，为了确保证据的真实性和合法性，邀请与案件无关的第三人作为见证人，对公安机关的某些行为进行见证，并签字确认。见证人并不参与案件的实体处理，也不对案件结果承担责任，其签字只是证明公安机关的某些行为是合法、真实的。

因此，见证人签字并不会导致见证人产生犯罪记录，也不会留下所谓的“案底”。见证人的身份和签字行为只是公安机关办理案件过程中的一种辅助手段，与见证人个人的犯罪记录无关。

综上所述，公安机关见证人签字不会留案底。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。