法院调解后行政机关不履行职责，一般不能通过自诉的方式解决，而应当申请法院强制执行。具体分析如下：

一. 行政机关不履行调解协议的处理方式

1. 申请强制执行：根据《行政诉讼法》的相关规定，行政机关在法院调解后应当履行调解协议。如果行政机关不履行职责，当事人可以向法院申请强制执行调解协议。法院将依法对申请进行审查，并作出是否准予强制执行的裁定。

2. 执行措施：如果法院裁定准予强制执行，将采取一系列执行措施，如冻结银行账户、查封财产等，以确保行政机关履行其职责。

二. 自诉的适用范围

• 自诉通常适用于刑事案件中的轻微犯罪，由被害人直接向人民法院提起控诉。在行政纠纷中，特别是涉及行政机关不履行职责的情况，自诉并不是适当的解决方式。

三. 实际操作建议

• 申请强制执行：如果行政机关在法院调解后不履行职责，建议当事人及时向法院申请强制执行，以维护自己的合法权益。
• 保留证据：在申请强制执行前，当事人应确保保存好相关证据，包括调解协议、行政机关不履行职责的证据等，以便在申请过程中提供有力支持。

综上所述，法院调解后行政机关不履行职责，应通过申请法院强制执行的方式解决，而不是通过自诉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。