主要负责人不是经理，如果违反相关法律法规规定，确实可能会面临处罚。具体分析如下：

一. 主要负责人与经理的角色定位

1. 主要负责人的定义：根据相关法律法规，主要负责人通常指的是对企业或组织负有全面责任的人员，其职责包括但不限于决策、管理、监督等。
2. 经理的角色：经理则是企业或组织中的高级管理人员，负责具体的经营管理工作，通常向主要负责人报告工作。

二. 法律法规的相关规定

1. 《中华人民共和国安全生产法》等相关法律：这些法律明确规定了企业或组织主要负责人的安全责任，包括建立健全安全生产责任制、组织制定安全生产规章制度和操作规程、保证安全生产投入等。如果主要负责人未能履行这些职责，可能会面临罚款、行政处分等处罚。
2. 处罚的适用情况：当主要负责人不是经理时，如果其未能按照法律法规的要求履行主要职责，或者因管理不善导致安全事故等严重后果，同样会受到相应的法律处罚。

三. 实际案例分析

• 例如，在某公司中，主要负责人并非经理，而是公司的法定代表人。由于该负责人未能有效履行安全生产管理职责，导致公司发生了一起严重的安全事故。最终，该负责人被相关部门依法追究了法律责任，并受到了相应的处罚。

综上所述，主要负责人不是经理时，如果违反法律法规规定或未能履行主要职责，确实可能会面临处罚。因此，无论主要负责人是谁，都应严格遵守相关法律法规，确保企业或组织的合法合规运营。如有进一步需要，您可以继续咨询我。