综合工时加班费的计算需依据《劳动法》的相关规定，具体根据工作时间的不同情况来确定加班费的标准。

一. 综合工时制下的加班费计算

1. 法定休假日工作：在综合计算工时工作制周期内，如果劳动者在法定休假日工作，应按照不低于工资的300%计算加班费。- 例如，若某员工在综合工时制下，于国庆节法定休假日工作，则其当日的加班费应按照工资的300%计算。

2. 延长工作时间：对于超出该周期内（如一个月、一季度）法定标准工作时间的部分，即视为延长工作时间，应按照不低于工资的150%计算加班费。需要注意的是，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时，超过36小时的部分仍按150%计算加班费。- 例如，若某员工在一个月内综合工时超过法定标准工作时间10小时，且这10小时并非在法定休假日或休息日工作，则其应获得这10小时工资的150%作为加班费。

3. 休息日工作且不能补休：在综合工时制下，如果休息日安排劳动者工作，且不能安排补休，此时应按照不低于工资的200%计算加班费。但请注意，此情况在综合工时制中较为少见，因为综合工时制本身就是为了适应某些行业或岗位的工作特点，允许在一定周期内灵活安排工作时间。

二. 法律依据

• 《中华人民共和国劳动法》第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

综上所述，综合工时加班费的计算需根据劳动者在法定休假日、延长工作时间以及休息日（且不能补休）工作的情况，分别按照不低于工资的300%、150%和200%的标准支付加班费。如有进一步需要，您可以继续咨询我。