不配合政府调查的公司，政府相关部门有权采取多种强制措施和处罚手段，包括但不限于冻结银行账户、查封财产等，甚至可能被追究刑事责任。下面我将对此进行详细分析：

一. 行政强制措施与处罚

1. 依据《中华人民共和国行政强制法》：若公司不配合政府调查，行政机关有权采取一系列强制措施，如冻结银行账户、查封、扣押相关财产等，以确保调查的顺利进行和防止证据灭失。
2. 依据《中华人民共和国行政处罚法》：对于不配合调查的行为，行政机关还可以依法给予行政处罚，如罚款、警告、没收违法所得等，以维护行政管理秩序。

二. 刑事责任

1. 依据《中华人民共和国刑法》：如果公司不配合政府调查的行为构成妨害公务罪，或者涉及其他犯罪行为，如提供虚假证言、隐匿证据等，那么相关责任人员可能面临刑事责任的追究。

三. 实际影响与后果

• 例如，某公司因拒绝提供政府调查所需的财务资料，被税务机关依法冻结了银行账户，导致公司日常运营受到严重影响。这不仅损害了公司的商业信誉，还可能引发一系列连锁反应，如供应商催款、客户流失等。

综上所述，不配合政府调查的公司将面临严重的法律后果，包括行政强制措施、行政处罚以及可能的刑事责任。因此，我建议公司在面对政府调查时，应当积极配合，提供所需资料，以避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。