在行政处罚案件调查过程中，如果有关单位和个人不配合调查，行政机关可以采取一系列措施来应对。

首先，行政机关需要明确告知当事人配合调查的义务以及不配合可能带来的法律后果。执法人员应详细解释调查的目的、依据，以及当事人配合调查的重要性，强调这是法律规定的责任和义务。通过沟通解释，争取当事人的理解和配合，消除其疑虑和抵触情绪。

如果当事人仍然拒绝配合或阻挠调查，行政机关可以采取合法强制措施。这些措施包括但不限于强制传唤、查封、扣押等，以确保调查的顺利进行。但务必注意，这些强制措施必须严格依法进行，避免侵犯当事人的合法权益。在采取强制措施时，应遵守相关法律法规的规定，如出示证件、表明身份、制作笔录等，确保执法的公正性和合法性。

同时，行政机关还可以完善证据收集方式，通过多渠道取证和利用技术手段来提高取证的效率和准确性。例如，可以通过现场勘查、询问相关人员、调取监控录像等方式收集证据，或者借助电子数据取证、远程视频询问等现代科技手段来辅助调查。

此外，对于拒不配合且情节严重的当事人，行政机关可依法向公安机关报案，由公安机关按照治安管理处罚法进行处理。如果涉及刑事犯罪，还可移送司法机关追究刑事责任。

在整个调查过程中，行政机关应严格遵循法定程序，保障当事人的陈述申辩权。在作出行政处罚决定前，应充分听取当事人的意见和申辩，并记录在案。同时，也要告知当事人如对处罚决定不服，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。

综上所述，面对不配合行政处罚调查的情况，行政机关应通过明确告知义务与后果、采取合法强制措施、完善证据收集方式以及规范执法程序与保障救济权利等措施来应对。同时，当事人也应明确配合调查的重要性及法律义务，积极配合行政机关的调查工作，以维护自身合法权益和社会秩序。