关于违法分包处罚金额是以分包工程合同金额还是以整个工程合同金额为标准的问题，我可以明确给出以下解答：

违法分包的处罚金额是以违法分包的工程合同金额为标准进行计算的。

具体来说，根据我国《建设工程质量管理条例》的相关规定，对于施工单位违法分包的行为，将处以工程合同价款0.5%以上1%以下的罚款。这里的“工程合同价款”指的是违法分包的那一部分工程的合同金额，而不是整个工程的合同金额。同样，对于接受违法分包的施工单位，也会根据其接受的违法分包工程合同金额进行相应的处罚。

这一规定旨在确保建筑市场的公平竞争秩序，保障建设工程的质量和安全。通过设定明确的处罚标准，可以促使施工单位严格遵守法律法规，避免违法分包行为的发生。

因此，在面临违法分包处罚时，处罚金额的计算将依据违法分包的工程合同金额进行，而不是整个工程的合同金额。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。