“合同价款由乙方包干使用，超出不补结余不退”的约定，在大多数情况下是合法的。以下是对此约定的详细分析：

1. 合同自由原则：

   • 根据合同法的基本原则，合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同即具有法律效力。
   • “合同价款由乙方包干使用，超出不补结余不退”的约定，通常是双方在签订合同时，基于平等、自愿的原则达成的，因此，在不违反其他法律规定的前提下，该约定是合法的。

2. 包干价款的性质：

   • 包干价款意味着乙方在合同约定的范围内，自行承担费用风险，无论实际花费是否超出或低于合同约定的价款，甲方均不再进行补贴或回收。
   • 这种约定有助于简化结算流程，减少双方因费用问题产生的纠纷。

3. 可能存在的风险：

   • 如果乙方在履行合同过程中，因不可抗力或甲方原因导致费用大幅增加，而乙方无法获得补偿，可能会面临经济压力甚至亏损。
   • 因此，乙方在签订合同时，应充分评估合同风险，合理确定包干价款，并考虑是否需要增加相应的风险条款或救济措施。

4. 法律建议：

   • 在签订包含“合同价款由乙方包干使用，超出不补结余不退”约定的合同时，双方应明确约定合同的范围、内容、标准等关键条款，以避免因约定不明而产生纠纷。
   • 乙方应充分评估自身能力和风险承受能力，谨慎选择包干方式，并在必要时寻求专业律师的法律咨询和帮助。

综上所述，“合同价款由乙方包干使用，超出不补结余不退”的约定在大多数情况下是合法的，但双方在签订合同时应充分评估风险并明确约定相关条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。