特种设备管理证书被单位扣押，您仍然有权补办。具体分析如下：

一. 证书补办与扣押无关

1. 补办证书的法律依据：根据《特种设备作业人员监督管理办法》等相关规定，特种设备作业人员证书遗失或损毁的，可以向原发证机关申请补办。这一规定明确了补办证书的合法性和具体途径。
2. 扣押不影响补办：单位扣押您的证书是其内部行为，并不影响您依据法律法规向原发证机关申请补办证书的权利。原发证机关在核实您的身份和资格后，会依法为您补办新的证书。

二. 补办证书的具体步骤

1. 准备材料：您需要准备身份证明、原证书遗失或损毁的声明（如有）、以及可能需要的近期照片等材料。
2. 提交申请：携带准备好的材料，前往原发证机关或其指定的办理地点提交补办申请。
3. 等待审核与领取：原发证机关会对您的申请进行审核，审核通过后，您可以在规定的时间内领取新的证书。

三. 建议与提醒

1. 及时补办：为了避免因证书缺失而影响您的正常工作或生活，建议您在发现证书被扣押后，尽快向原发证机关申请补办。
2. 保留证据：如果单位无故扣押您的证书，您可以考虑保留相关证据，如与单位的沟通记录、证书被扣押的照片等，以备不时之需。
3. 法律咨询：如果您在补办证书过程中遇到任何法律问题或困难，可以及时咨询专业律师，以获取更具体的法律帮助。

综上所述，特种设备管理证书被单位扣押后，您完全有权向原发证机关申请补办新的证书。如有进一步需要，您可以继续咨询我。