关于土地使用权转让合同无效时新增建筑物的处理问题，这确实是一个相对复杂且需要细致考虑的问题。以下是对此问题的详细解答：

首先，当土地使用权转让合同被确认为无效时，整个交易的基础就不复存在了。这意味着受让方需要返还取得的土地使用权给出让方，而出让方则需要将收取的转让款返还给受让方。这是处理无效合同的基本原则，即“恢复原状”。

然而，在土地上新增的建筑物就构成了特殊情况。这些建筑物是受让方在取得土地使用权后投入资金和资源建设的，因此不能简单地要求受让方拆除并恢复原状。这就需要根据具体情况来合理处理。

一种可能的处理方式是“返还财产”的变通应用。如果建筑物可以独立于土地进行价值评估，并且不会对土地造成不可逆的损害，那么可以考虑由受让方将建筑物转让给出让方，出让方则根据建筑物的实际价值给予受让方相应的补偿。这种方式既体现了“恢复原状”的原则，又兼顾了受让方的合理投入。

另一种处理方式是“折价补偿”。如果建筑物与土地已经形成了紧密的结合，无法分离，或者分离会对建筑物或土地造成重大损失，那么可以由双方协商，对受让方在建筑物上的合理投入进行评估，并由出让方给予相应的折价补偿。这种方式更注重保护受让方的合法权益，避免其因合同无效而遭受过大的损失。

当然，在处理过程中，还需要考虑过错责任的问题。如果合同无效是由于出让方隐瞒土地使用权存在权利瑕疵导致的，那么出让方不仅需要返还转让款，还需要赔偿受让方因此所受到的损失，包括在建筑物上的投入。如果受让方明知土地存在问题仍签订合同，那么也需要承担部分责任，这可能会影响其获得补偿的数额。

最后，需要强调的是，在处理土地使用权转让合同无效时新增建筑物的问题时，应充分考虑双方的合法权益和实际情况，遵循公平、公正、合理的原则进行协商和处理。如果双方无法达成一致意见，可以寻求法律途径解决争议。