死亡原因由医疗机构或公安机关出具。具体分析如下：

一. 一般情况下的死亡原因出具

1. 医疗机构出具：对于在医院内正常死亡的情况，通常由负责救治患者的医疗机构出具《死亡医学证明（推断）书》，其中会载明死亡原因。这是最为常见且正规的死亡原因证明方式。

• 例如，某患者在医院因病去世，医院会根据患者的病历、治疗情况及临终状态等，出具包含死亡原因的《死亡医学证明（推断）书》。

1. 公安机关出具：对于非正常死亡或医疗机构不能确定死亡原因的，应由公安机关的法医或指定机构进行尸检，并出具相应的死亡原因证明。这通常涉及刑事案件、交通事故或其他意外事件导致的死亡。

• 例如，某人因交通事故去世，公安机关会组织法医进行尸检，以确定死亡原因，并出具相应的证明文件。

二. 特殊情况下的处理

• 在某些特殊情况下，如死者家属对医疗机构或公安机关出具的死亡原因有异议，可通过法律途径申请重新鉴定或复核。此时，可能需要通过司法程序，由法院指定的专业机构进行再次鉴定。

三. 总结与建议

综上所述，死亡原因的出具单位主要取决于死亡的具体情况和性质。在正常情况下，医疗机构是出具死亡原因的主要单位；对于非正常死亡或医疗机构不能确定的情况，则应由公安机关出具。如有进一步需要，您可以继续咨询我。