公司要求怀孕员工停薪留职，除非是基于双方自愿协商一致且达成书面协议，否则一般是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

法律法规依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第二十九条明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得解除劳动合同。此规定旨在保护女性员工的合法权益，确保她们在特殊生理时期不会遭受不公正待遇。
2. 《女职工劳动保护特别规定》第五条也强调，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动、聘用合同。这进一步保障了怀孕女职工在职场上的稳定性和经济权益。

停薪留职的本质与风险

1. 停薪留职本质上意味着员工停止工作，用人单位停止支付工资，但保留职位。对于怀孕女职工而言，这种安排可能损害其获得劳动报酬的基本权利。
2. 怀孕女职工在遵守正常工作制度和履行工作职责的前提下，有权享受与正常工作时相同的工资待遇。因此，公司单方面要求怀孕员工停薪留职，可能构成违法行为。

特殊情况下的合法性

• 如果怀孕女职工因身体等特殊原因，主动向公司提出停薪留职申请，并且双方经过协商一致后达成书面协议，这种情况下是合法有效的。关键在于必须是女职工自愿主动提出，而非公司强制要求。

法律救济途径

• 若公司强制要求怀孕员工停薪留职，员工有权向劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为。
• 员工还可以选择申请劳动仲裁，主张恢复劳动关系，并要求公司支付停薪期间的工资损失及其他相关赔偿。

实际建议

• 面对公司要求怀孕员工停薪留职的情况，建议员工首先明确自己的法律权益，并与公司进行沟通协商。
• 如果无法达成一致，应及时向我咨询，以确保自己的合法权益得到有效维护。
• 同时，也提醒公司应遵守相关法律法规，尊重和保护女性员工的合法权益。

综上所述，公司要求怀孕员工停薪留职，除非双方自愿协商一致并达成书面协议，否则是不合法的。员工应了解自己的法律权益，并在必要时采取法律措施维护自己的合法权益。