事故单位主要负责人擅离职守的，将可能面临降级、撤职的处分，并由应急管理部门处上一年年收入百分之六十至百分之一百的罚款；对逃匿的还可能处十五日以下拘留；如果构成犯罪，将依照刑法有关规定追究刑事责任。具体分析如下：

一. 事故单位主要负责人擅离职守的法律责任

• 根据《中华人民共和国安全生产法》第一百一十条，生产经营单位的主要负责人在本单位发生生产安全事故时，不立即组织抢救或者在事故调查处理期间擅离职守或者逃匿的，将受到降级、撤职的处分，并由应急管理部门处上一年年收入百分之六十至百分之一百的罚款。
• 若主要负责人逃匿，还将面临十五日以下拘留的处罚。
• 如果擅离职守的行为构成犯罪，将依照刑法有关规定追究刑事责任。

二. 实际案例理解

• 假设某工厂发生了一起生产安全事故，事故调查期间，该工厂的主要负责人未经允许擅自离开岗位，根据上述法律规定，该负责人将面临相应的法律责任，包括但不限于降级、撤职、罚款，甚至可能被追究刑事责任。

我建议事故单位的主要负责人在发生生产安全事故后，应立即组织抢救，并积极配合事故调查处理，切勿擅离职守，以免承担不必要的法律责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。