儿子卖父亲厂房需要确保厂房的产权已经合法转移至儿子名下，并且按照相关法律规定办理买卖手续。具体处理流程如下：
一. 产权转移
- 确认产权归属：首先，需要确认厂房的产权是否已经通过合法方式（如赠与、继承、买卖等）转移至儿子名下。这是进行后续买卖交易的前提。
- 办理产权变更登记：如果产权尚未转移，需要父亲和儿子共同前往不动产登记机构，按照相关程序办理产权变更登记。根据《中华人民共和国民法典》第二百零九条，不动产物权的变更，经依法登记，发生效力。
二. 买卖交易
- 签订买卖合同：儿子作为卖方，与买方签订正式的买卖合同，明确双方的权利和义务，包括交易价格、付款方式、交付时间等。
- 办理过户手续：买卖双方携带相关证件（如身份证、产权证等）前往不动产登记机构，办理厂房的过户手续。过户完成后，买方将取得厂房的产权。
- 缴纳税费：根据法律规定，厂房买卖可能需要缴纳相关税费，如契税、增值税等。儿子作为卖方，需要按照税务部门的要求缴纳相应税费。需要注意的是，根据《中华人民共和国契税法》的相关规定，某些情形下的土地、房屋权属转移可能免征契税，但厂房买卖通常不属于这些免征范围。
三. 注意事项
- 在整个过程中，建议咨询专业机构或律师，确保交易的合法性和安全性。
- 保留好所有相关证件和交易记录，以备不时之需。
综上所述，儿子卖父亲厂房需要先确保产权已经合法转移至自己名下，然后按照买卖交易的流程办理相关手续，并缴纳相应税费。如有进一步需要，您可以继续咨询我。