如果投标人做澄清回复时没有对问询函做出明确回复，根据相关法律法规和实务操作，以下是我的分析：

核心结论：评标委员会可以否决其投标。

详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《评标委员会和评标方法暂行规定》第十九条第一款，评标委员会可以书面方式要求投标人对投标文件中含义不明确、对同类问题表述不一致或者有明显文字和计算错误的内容作必要的澄清、说明或者补正。
   • 如果投标人尽管进行了答复，但并不予正面回答，实际上“答非所问”，也就属于“拒不按照对投标文件进行澄清”。根据《评标委员会和评标方法暂行规定》第二十二条，评标委员会可以否决其投标。

2. 实务操作：

   • 在实际招标过程中，评标委员会发现投标人的投标文件存在需要澄清的问题时，会发出澄清通知。
   • 投标人应当按照澄清通知的要求进行回复，如果对关键问题没有做出明确回复，评标委员会将有权根据规定否决其投标。

3. 建议：

   • 对于投标人而言，应当认真对待评标委员会的澄清通知，确保回复内容准确、明确，避免“答非所问”的情况。
   • 如果确实存在需要澄清的问题，应当积极与评标委员会沟通，确保自己的投标文件符合招标要求。

综上所述，如果投标人做澄清回复时没有对问询函做出明确回复，评标委员会有权根据相关法律法规和实务操作否决其投标。因此，投标人在参与招标活动时，应当严格遵守相关规定，确保投标文件的准确性和完整性。