在手机上通过“上农品慧”公众号开具免税农产品发票，如果符合相关税收法规的规定，则是合法的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 合法性分析

1. 税收法规依据：根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，以及相关的税收法规，开具发票应当符合税法规定，且必须真实、合法、有效。对于免税农产品，同样需要按照税法规定开具发票，只是不需要缴纳税款。

2. 公众号开票资质：关键在于“上农品慧”公众号是否具备开具免税农产品发票的资质。这需要查看该公众号是否已经在税务部门进行了相关的备案和登记，是否获得了开具免税农产品发票的授权。

3. 合规操作：如果“上农品慧”公众号已经具备了开具免税农产品发票的资质，并且在实际操作中严格按照税法规定进行开票，那么其开票行为就是合法的。

二. 实际操作建议

• 核实资质：在使用“上农品慧”公众号开具免税农产品发票前，建议核实该公众号是否具备相关资质。
• 合规开票：确保开票内容真实、合法，符合税法规定。
• 留存证据：开票后应妥善保存相关证据，如发票存根、交易记录等，以备未来可能的税务检查。

三. 结论

综上所述，在手机上通过“上农品慧”公众号开具免税农产品发票，如果公众号具备相关资质且操作合规，则是合法的。但为了确保合法性和安全性，建议在实际操作前进行充分的核实和了解。如有进一步需要，您可以继续咨询我。