非法转包中，行政机关没收违法所得并不要求是已经收取的。具体分析如下：

在非法转包的情况下，行政机关进行处罚时，所针对的“违法所得”并不仅仅局限于已经实际收取的款项。根据相关法律法规，违法所得是指通过违法手段所获得的财物或者利益，这包括但不限于已经收取的款项，还可能包括尚未收取但已经确定可以获得的利益。

在实际操作中，行政机关会综合考虑非法转包行为的性质、情节、后果等因素，来确定违法所得的数额，并据此作出没收违法所得的处罚决定。因此，即使某些款项尚未实际收取，但如果已经确定属于违法所得，行政机关仍然有权进行没收。

综上所述，非法转包中，行政机关没收违法所得并不以是否已经收取为唯一标准，而是会综合考虑多种因素来确定违法所得的数额并进行处罚。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。