在行政补偿案件中，行政机关在二审提交证据的有效性是一个涉及法律程序和证据规则的问题。以下是对此问题的详细分析：

结论前置：行政机关在行政补偿案件的二审中提交证据，其有效性取决于是否符合新证据的定义、是否遵循了提交新证据的程序要求，以及法院是否认为该证据对案件事实认定有重要影响。

详细分析：

1. 新证据的定义与范畴：

   • 行政机关提交的证据必须属于“新证据”，即一审程序中应当准予延期提供而未获准许的证据、一审庭审结束后新发现的证据，或当事人在一审程序中依法申请调取而未获准许或未取得的证据。

2. 提交新证据的程序要求：

   • 行政机关在提交新证据时，必须确保证据的形式符合要求，如提供原件或经核对无误的复印件。
   • 应提供完整的证据链，以证明证据的真实性和关联性。
   • 遵循法庭规则和程序，按照法院的要求进行举证和质证。

3. 法院的审查与采纳：

   • 二审法院会对行政机关提交的新证据进行严格的审查，包括证据的形式、与案件事实的关联性以及是否符合新证据的定义。
   • 如果证据符合这些要求，且法院认为该证据对案件事实认定有重要影响，法院可能会予以采纳。

4. 特殊考虑：

   • 在行政补偿案件中，行政机关作为被告，其提交新证据的目的通常是为了证明赔偿请求人是否有合法利益受损、赔偿义务机关是否不应给予赔偿或应减少赔偿数额等事由。
   • 如果这些证据是事后产生的，且对案件事实的认定有重要影响，它们将作为行政机关辩护的重要依据。

综上所述，行政机关在行政补偿案件的二审中提交证据的有效性并非绝对，而是取决于多个因素的综合考量。因此，在提交证据前，行政机关应仔细评估证据是否符合相关要求，并咨询专业律师的意见以确保诉讼策略的有效性。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的咨询，请直接向我提问，我会为你提供更详细的法律建议。