被告行政机关当庭提交证据的有效性需视具体情况而定。以下是对此问题的全面分析：
一、总体原则与法律规定
在行政诉讼中，证据的提交通常应遵循一定的时间要求，以确保诉讼的公正性、高效性和有序性。《中华人民共和国行政诉讼法》第六十七条规定，被告应当在收到起诉状副本之日起十五日内向人民法院提交作出行政行为的证据和所依据的规范性文件，并提出答辩状。这一规定旨在防止庭审中出现突然的新证据，从而保障对方当事人的权益及法庭的审理节奏。
二、被告当庭提交证据的有效情形
经法院准许的补充证据：
- 若原告或第三人提出了在行政处理程序中未提出的理由或证据，且经法院准许，被告可以补充证据。在此情形下，被告当庭提交的补充证据可能是有效的。
因不可抗力等正当事由耽误期限：
- 若被告因不可抗力等正当事由耽误了提交证据的期限，经法院准许可以延期提供。此时，当庭提交的证据在获得法院准许后也是有效的。
三、被告当庭提交证据的无效情形
无正当理由逾期提供证据：
- 若被告无正当理由逾期提供证据，或在当庭才提交证据且未经法院准许，该证据将被视为无效。被告需承担举证不能的不利后果，即法院可能不会采纳该证据，并可能因此对被告作出不利的判决。
证据与案件无关联性或真实性存疑：
- 即使被告当庭提交了证据，若该证据与案件无关联性或真实性存疑，法院也可能不会采纳。证据的真实性、合法性和关联性是法院审查证据的重要标准。
四、法院对当庭提交证据的审查
- 无论被告当庭提交的证据是否获得法院准许，法院都需对该证据进行严格的审查判断。这包括对证据的真实性、合法性以及与案件的关联性等方面的审查。只有经过法院审查认定有效的证据，才能作为判决的依据。
五、建议与总结
- 严格遵守举证期限：被告在行政诉讼中应严格遵守举证期限，尽量在收到起诉状副本之日起十五日内提交证据，以避免因证据提交问题而影响自己的合法权益。
- 及时申请延期提交：如确实存在特殊情况需要当庭提交证据，被告应及时向法院说明情况并申请延期提交。在申请延期时，应提供充分的理由和证据，以获得法院的准许。
- 确保证据的真实性和关联性：被告在提交证据时，应确保证据的真实性和关联性。虚假或无关的证据不仅不会被法院采纳，还可能对被告产生不利的法律后果。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。