地热井超采违法所得无法认定的，应由自然资源主管部门根据相关法律法规进行认定和处理。以下是对此问题的详细分析：
一. 地热井超采违法所得的认定依据
地热资源的法律属性：
- 地热资源属于矿产资源的一种。因此，关于地热井超采违法所得的认定，应当参照矿产资源管理的相关法律法规进行。
违法所得的认定标准：
- 根据《行政处罚法》第二十八条第二款以及《自然资源行政处罚办法》第十四条的规定，违法所得是指实施自然资源违法行为所取得的款项，但可以扣除合法成本和投入。具体扣除办法由自然资源部另行规定。
二. 地热井超采违法所得无法认定的处理
由自然资源主管部门进行认定：
- 在地热井超采案件中，如果违法所得无法认定，应由自然资源主管部门根据相关法律法规和部门规章的规定，结合案件具体情况进行认定。
考虑的因素：
- 在认定过程中，应综合考虑超采行为的时间、数量、价格以及行为人的合法成本和投入等因素。如果行为人已经销售了部分或全部超采的地热水，违法所得应按照销售凭据确定；如果没有销售凭据，则应按照已经销售或者已经利用的违法采出地热水的数量和价格认定。
处罚措施：
- 一旦违法所得被认定，自然资源主管部门将依法对违法行为人进行处罚。处罚措施可能包括没收违法所得、罚款、责令停止违法行为等。情节严重的，还可能构成非法采矿罪，依法追究刑事责任。
三. 我的观点
在地热井超采案件中，违法所得的认定是一个重要环节。虽然有时违法所得可能难以直接确定，但自然资源主管部门应根据相关法律法规和部门规章的规定，结合案件具体情况进行认真细致的认定工作。同时，我也建议相关企业和个人严格遵守矿产资源管理的法律法规，避免违法超采行为的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。