公司运营项目中的程序员应当依据其与公司签订的劳动合同以及公司的相关规章制度来处理工作事务。以下是具体的分析：

一. 程序员的职责与义务

1. 遵守劳动合同：程序员与公司签订了劳动合同，应当严格按照合同中的约定履行自己的职责和义务，包括按时完成工作任务、保守公司商业秘密等。

   • 例如，如果劳动合同中规定了工作时间和工作内容，程序员就应当按照约定进行工作。

2. 遵守公司规章制度：公司通常会有一系列的规章制度来规范员工的行为，程序员作为公司的一员，应当遵守这些规章制度，包括考勤制度、项目管理制度等。

   • 例如，公司规定程序员需要按时提交工作进度报告，那么程序员就应当按照规定提交报告。

二. 公司运营项目中程序员的处理方式

1. 明确工作任务：公司应当为程序员明确具体的工作任务和目标，确保程序员能够清楚地知道自己的工作职责和期望成果。

   • 例如，在项目启动阶段，公司应当与程序员沟通，明确项目的需求、进度和预期成果。

2. 提供必要支持：公司应当为程序员提供必要的工作支持和资源，包括技术支持、培训机会、工作环境等，以确保程序员能够顺利完成任务。

   • 例如，如果程序员在项目中遇到了技术难题，公司应当提供技术支持或者安排培训来解决这些问题。

3. 激励与考核：公司应当建立合理的激励机制和考核制度，对程序员的工作表现进行客观评价，并根据评价结果给予相应的奖励或处罚。

   • 例如，公司可以设立项目奖金、晋升机会等激励措施，来激发程序员的工作积极性和创造力。

综上所述，公司运营项目中的程序员应当严格遵守劳动合同和公司规章制度，明确自己的工作职责和义务；同时，公司也应当为程序员提供必要的工作支持和资源，并建立合理的激励机制和考核制度。这样不仅能够确保项目的顺利进行，还能够促进程序员的个人成长和公司的长期发展。如有进一步需要，您可以继续咨询我。