当您发现签订的人民调解协议书存在问题时，可以采取以下步骤来处理：

一、立即停止履行有问题部分

首先，对于协议中存在问题的部分，应立即停止履行，以避免可能产生的进一步纠纷或损失。

二、与对方沟通并尝试协商

主动与对方当事人进行沟通，清晰、明确地告知您所发现的问题，并尝试通过协商来寻找解决办法。如果双方能够达成共识，可以签订一份补充协议，对原协议进行修订和完善。

三、依据协议约定的争议解决条款处理

如果协商无果，您应查看协议中是否约定了争议解决条款，如仲裁或诉讼等。根据这些条款，您可以选择相应的途径来处理争议。如果选择仲裁，您需要向约定的仲裁机构提交仲裁申请；如果选择诉讼，则需要向人民法院提起诉讼。

四、保留证据并留意时效

在处理过程中，务必妥善保留相关证据，如协议文本、沟通记录、补充协议等。这些证据在后续可能发生的仲裁或诉讼中将起到关键作用。同时，您还需要留意法律规定的时效，确保在时效期内行使您的权利，防止因超过时效而使得自身权益无法获得有效保障。

五、考虑协议的法定无效或可撤销情形

如果协议存在的问题符合《民法典》中规定的无效情形，如无民事行为能力人实施、虚假意思表示、违反法律强制性规定等，您可以向法院或仲裁机构申请确认协议无效。同样地，如果协议存在重大误解、欺诈、胁迫或显失公平等情形，您也可以在法定期限内向法院申请撤销协议。

六、寻求专业法律帮助

在处理这类复杂问题时，寻求专业律师的帮助是非常明智的选择。律师能够为您提供专业的法律意见和指导，帮助您更好地维护自己的合法权益。

综上所述，当您发现人民调解协议书存在问题时，应首先停止履行有问题部分，与对方沟通并尝试协商；如果协商无果，则依据协议约定的争议解决条款处理；同时保留证据并留意时效；最后，根据具体情况考虑协议的法定无效或可撤销情形，并寻求专业法律帮助。