辞退员工赔偿工资是按应发工资计算。应发工资是指劳动者在正常出勤情况下，按照劳动合同约定的工资标准计算的工资总额，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有应得收入，不扣个人所得税、社会保险费等。实发工资则是扣除了相关费用后的实际到手工资。

分析说明：

1. 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且是应发工资，即未扣除税费和其他费用的工资。
2. 应发工资的全面性：应发工资能更全面、真实地反映劳动者的实际收入水平和劳动贡献。若以实发工资计算赔偿，可能会因扣除部分费用而导致赔偿金额不合理减少，这对劳动者是不公平的。
3. 实践中的操作：在司法实践中，用人单位在辞退员工时，通常是按照应发工资来计算经济补偿的。这也是为了保障劳动者的合法权益，确保其在被辞退时能够获得基于其正常劳动应得的足额补偿。

结论补充说明： 辞退员工赔偿按应发工资计算，这一规定不仅符合法律原则，也体现了对劳动者权益的保障。因此，在用人单位辞退员工时，应当按照应发工资的标准来计算经济补偿，确保劳动者获得应有的赔偿。如果用人单位未按规定支付经济补偿，劳动者可以向劳动仲裁管理部门申请仲裁处理。