对于零星改造工程未履行工程变更程序的情况，应首先立即停止未履行变更程序的施工行为，并依据相关法律法规及合同条款进行整改。具体整改步骤如下：

一. 立即停工并评估现状

• 首先，应立即停止所有未履行工程变更程序的施工活动，以避免可能的违法后果进一步扩大。
• 对已完成的改造部分进行评估，检查是否符合原工程设计要求、施工技术标准及合同约定。

二. 依据法律法规进行整改

1. 依据《中华人民共和国建筑法》：

    - 根据该法第三十二条，工程监理单位有权对施工质量进行监督，并要求建筑施工企业改正不符合工程设计要求、施工技术标准和合同约定的施工行为。
    - 如工程监理单位发现工程设计不符合建筑工程质量标准或合同约定的质量要求，应报告建设单位要求设计单位改正。
   

2. 依据《建设工程质量管理条例》：

    - 根据该条例第三十六条，工程监理单位应代表建设单位对施工质量实施监理，并对施工质量承担监理责任。
    - 在整改过程中，应确保所有施工活动均符合法律、法规以及有关技术标准、设计文件和建设工程承包合同的要求。
   

三. 按照合同约定进行变更程序

• 检查原工程合同中关于工程变更的条款，明确变更的程序、要求及责任。
• 按照合同约定的程序，向建设单位或监理单位提交工程变更申请，并附上详细的变更方案、预算及影响分析。
• 等待建设单位或监理单位的审批，并根据审批结果进行后续施工。

四. 加强内部管理与培训

• 对施工团队进行法律法规及合同条款的培训，提高其对工程变更程序的认识和重视程度。
• 建立健全内部管理制度，确保所有工程变更均按照规定的程序进行审批和实施。

我建议，在整改过程中，应密切关注法律法规的更新及监管部门的要求，确保整改工作的合法性和有效性。同时，加强与建设单位、监理单位及设计单位的沟通协作，共同推动整改工作的顺利进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。