总包单位拒绝配合验收时，建设单位不可自行验收。以下是对此问题的详细分析：

一. 验收的法定程序

1. 依据《建设工程质量管理条例》第十六条，建设单位收到建设工程竣工报告后，应当组织设计、施工、工程监理等有关单位进行竣工验收。这表明，竣工验收是一个需要多方参与的程序，不仅仅是建设单位单方面的行为。
2. 竣工验收需要满足一系列条件，包括完成建设工程设计和合同约定的各项内容、有完整的技术档案和施工管理资料等。这些条件的满足通常需要施工单位的配合。

二. 施工单位的责任与义务

1. 施工单位作为工程建设的重要参与方，有义务按照合同约定完成施工任务，并配合建设单位进行竣工验收。
2. 如果施工单位拒绝配合验收，将影响建设工程的正常交付使用，并可能构成对合同义务的违反。

三. 建设单位的应对方式

1. 依据《中华人民共和国民法典》第八百零一条，如果因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人（即建设单位）有权请求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。这表明，建设单位在施工单位不配合验收时，有权要求其履行合同义务。
2. 如果施工单位仍然拒绝配合，建设单位可以通过法律途径维护自己的权益，例如向法院提起诉讼或申请仲裁，要求施工单位承担相应的法律责任。

综上所述，总包单位拒绝配合验收时，建设单位不能自行验收，而应通过法律手段要求施工单位履行配合验收的义务。如有进一步需要，您可以继续咨询我。