当合同约定的股权回购违约金过高时，法院一般不会直接支持，而是会根据相关法律法规进行适当调整。

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：这是关于违约金调整的核心条款。它明确规定，当事人可以约定违约金，但如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这一条款为法院调整过高的股权回购违约金提供了法律依据。

二. 法院调整违约金的考量因素

• 实际损失：法院会首先考虑守约方因违约行为所遭受的实际经济损失，这是调整违约金的基础。
• 合同履行情况：法院会审查违约方在合同履行过程中的表现，包括是否部分履行了合同义务，以及履行的程度和质量。
• 当事人的过错程度：故意违约与因不可抗力等不可预见因素导致的违约，在调整违约金时会有所区别。
• 预期利益：法院还会考虑合同双方在订立合同时对违约可能造成的损失和获得的利益的预期。

三. 实践中的操作流程

1. 当事人申请：通常，法院不会主动调整违约金，而是需要当事人明确提出申请，并指出违约金过高，同时承担相应的举证责任。
2. 举证与审查：提出调整申请的一方需要提供充分的证据来证明违约金确实不合理。法院在收到申请后，会依法进行审查，综合考虑上述因素。
3. 裁决与调整：根据审查结果，法院会依据公平原则和诚实信用原则作出裁决，对过高的违约金进行适当调整。

综上所述，股权回购合同中约定的违约金过高时，法院会根据《中华人民共和国民法典》的相关规定及案件具体情况进行适当调整。因此，当事人在签订股权回购合同时，应合理约定违约金数额，以避免后续因违约金过高而引发纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。