辞职时公司因盘点出入扣工资，这种做法一般不合法。下面我将从几个角度详细解释这个问题：

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 除非劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

2. 不合法的情况分析：

   • 如果公司仅仅因为员工辞职时在盘点中发现出入（如物品缺失、损坏等），就扣减员工工资，而没有明确的规章制度支持或员工确实存在过错的证据，这种做法是违法的。
   • 公司不能随意将经营风险或管理不善导致的损失转嫁给员工，特别是当这种损失与员工辞职行为无直接因果关系时。

3. 合法扣减工资的情况：

   • 如前所述，只有在员工因本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位有明确的规章制度规定可以扣减工资的情况下，公司才可以依法扣减员工工资。
   • 此外，如果公司与员工签订了相关协议（如服务期协议、竞业限制协议等），并约定了违约金或赔偿金，且员工违反了这些协议，公司也有权依法要求员工支付违约金或赔偿金。

4. 建议与应对措施：

   • 如果员工遇到公司无故扣减工资的情况，应首先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣减工资的具体原因和依据。
   • 如果公司无法提供合理的解释或依据，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，要求公司恢复原有薪资水平并赔偿因此造成的损失。
   • 同时，员工也可以咨询专业律师（如我），了解具体的法律权益和维权途径。

综上所述，辞职时公司因盘点出入扣工资的做法一般不合法。员工应了解自己的法律权益，并在遇到类似情况时积极维护自己的合法权益。