当合同与招标文件付款方式不一致时，通常应以招标文件为准，但具体情况需根据相关法律法规和合同条款来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法》第五十九条，招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的协议的，责令改正；可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。这表明，招标文件在招投标过程中具有法律约束力，合同内容应与招标文件保持一致。
   • 《最高院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。这进一步强调了招标文件及中标合同在结算工程价款方面的法律地位。

2. 实际处理：

   • 如果合同与招标文件在付款方式上存在不一致，首先应检查招标文件是否明确规定了付款方式，以及该规定是否具有法律约束力。若招标文件明确规定了付款方式且该规定具有法律约束力，则合同中的付款方式应与招标文件保持一致。
   • 若合同已经签订且项目已经启动，但在工程款项结算和支付阶段发现不一致，各方当事人可以协商并达成新的协议。然而，这种协商应确保不违反法律法规的强制性规定，且不得损害其他合法当事人的权益。

3. 特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，如招投标活动存在违法行为导致招投标无效，或合同因其他原因被认定为无效，则招标文件可能不能作为结算工程价款的依据。此时，应根据相关法律法规和合同条款的具体规定来确定工程价款的结算方式。

4. 建议：

   • 为避免合同与招标文件付款方式不一致带来的法律风险，建议在签订合同时仔细审查招标文件，并确保合同内容与招标文件保持一致。
   • 如在合同履行过程中发现付款方式不一致的问题，应及时与对方协商并寻求法律意见，以确保问题得到妥善处理。

综上所述，当合同与招标文件付款方式不一致时，应首先以招标文件为准，并根据相关法律法规和合同条款来判断具体情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。