未经股东大会同意的借款合同，在大多数情况下是有效的。以下是对此问题的详细分析：
一、合同有效的基本条件
根据《民法典》的规定，合同有效的条件包括：行为人具备相应民事行为能力、意思表示真实，且不违反法律规定。只要借款合同的双方满足这些条件，合同就具有法律效力。
二、公司法定代表人或代理人的签约权力
公司的法定代表人有权代表公司对外签订合同，且其以公司名义从事的民事活动，法律后果由公司承受。因此，法定代表人签订的借款合同通常对公司具有约束力，无需逐一经过每个股东同意。如果合同是由公司的授权代理人签订的，只要代理人在授权范围内行事，合同也对公司有约束力。
三、特殊情况下的合同效力
公司章程有特殊规定：若公司章程明确规定某些重大合同的签订需要经过股东会或一定比例股东同意，而实际签订合同时未遵循这一规定，合同的效力可能会受到挑战。但从维护交易安全和善意第三人利益的角度出发，如果第三人是善意且无过失地与公司签订合同，合同仍有可能被认定有效。公司内部可追究相关责任人的责任。
无权代理或越权代理：若签订合同的人没有得到公司的明确授权（包括法定代表人超越公司章程规定的权限）而以公司名义签订合同，且相对人明知或应当知道其无代理权，则合同可能不发生效力。但在这种情况下，如果事后公司追认了该合同，则合同自始有效。
四、结论与建议
综上所述，未经股东大会同意的借款合同，在大多数情况下是有效的，前提是合同符合法定条件且由具有相应权力的代表人或代理人签订。然而，在特殊情况下（如公司章程有特殊规定或存在无权代理、越权代理等），合同效力可能需要进一步评估。
因此，在实际操作中，建议公司在签订合同前仔细审查相关法律规定和内部章程，确保合同的合法性和有效性。如果合同已经签订并引发争议，建议及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。