公司无权扣押或遗失员工的毕业证，应当承担相应的法律责任。针对您提出的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 公司的行为是否合法

1. 公司无权扣押毕业证：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。毕业证作为个人重要证件之一，同样不得被扣押。因此，公司从一开始就不应持有您的毕业证。
2. 公司应对毕业证丢失负责：如果公司确实扣押了您的毕业证并声称丢失，那么公司应对此负责，并承担相应的法律责任。

二. 您的权益与应对措施

1. 要求公司出具证明：首先，您可以要求公司出具一份书面证明，确认毕业证的丢失情况，并明确表明公司对此负责。
2. 向劳动监察部门投诉：如果公司拒绝承担责任或不予理睬，您可以向当地的劳动监察部门投诉，请求他们介入调查并维护您的合法权益。
3. 考虑法律途径：如果问题无法通过协商解决，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。例如，您可以提起民事诉讼，要求公司赔偿因毕业证丢失给您造成的损失。

三. 毕业证丢失的后续处理

1. 联系学校：虽然公司应承担毕业证丢失的责任，但您也可以尝试联系原毕业学校，了解是否可以补办毕业证或开具相关证明。
2. 备份重要证件：为了避免类似情况再次发生，建议您对毕业证等个人重要证件进行备份，如拍照或扫描存档。

我建议您首先与公司进行沟通，要求他们出具毕业证丢失的证明并承担责任。如果公司不予配合，您可以向劳动监察部门投诉，并考虑通过法律途径来维护自己的权益。同时，尽快联系原毕业学校了解补办毕业证或开具证明的相关事宜。如有进一步需要，您可以继续咨询我。