对于主动投案但前期未作如实供述，后期如实供述的情况，起诉书应当客观、全面地反映被告人的投案经过和供述情况。具体来说：
一. 如实供述的认定
如实供述是指被告人对自己所犯罪行的真实、完整的供述，包括犯罪的时间、地点、手段、结果等关键情节。在起诉书中，应当明确被告人何时开始如实供述，以及供述的具体内容。
二. 投案经过的表述
主动投案：首先，起诉书中应当明确指出被告人是主动投案的，这体现了被告人有一定的悔罪态度和自首的意愿。
前期未如实供述：接着，需要客观描述被告人在投案初期并未如实供述自己的罪行，可能存在的原因可以简要提及，如害怕法律制裁、心存侥幸等，但这不是重点，重点是被告人后期如实供述了。
后期如实供述：重点描述被告人在何时、何种情况下开始如实供述自己的罪行，以及供述的详细内容和态度。这体现了被告人在认识到自己的错误后，积极配合司法机关调查的态度。
三. 起诉书的具体表述
起诉书可以这样表述：“被告人XXX，于XXXX年XX月XX日主动向公安机关投案，但初期并未如实供述自己的罪行。经过公安机关的进一步调查和审讯，被告人XXX于XXXX年XX月XX日开始如实供述自己的罪行，包括犯罪的时间、地点、手段、结果等关键情节，态度诚恳，配合积极。”
我建议在起诉书中，除了客观描述被告人的投案经过和供述情况外，还可以结合被告人的悔罪态度、社会危害性等因素，对被告人的行为进行全面评价，为后续的审判工作提供参考。如有进一步需要，您可以继续咨询我。