工程已投入使用，质保期自竣工验收合格之日起计算。具体分析如下：

一. 质保期的计算依据

• 根据《建设工程质量管理条例》第四十条，建设工程的保修期，在正常使用条件下，有明确的最低保修期限规定。这些规定包括基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程的合理使用年限，以及其他具体工程项目如屋面防水工程、供热与供冷系统、电气管线等的具体保修年限。

二. 质保期的起算时间

• 质保期的计算是从竣工验收合格之日开始。这意味着，无论工程何时投入使用，其质保期都是基于竣工验收合格的日期来计算的。

三. 特殊情况的处理

• 对于某些特殊类型的工程，如商品房建设项目，可能存在竣工后一段时间才交付使用的情况。在这种情况下，如果保修期仅按竣工验收合格之日起算，可能会对购房者不公平。因此，建设部《商品住宅实行住宅质量保证书和住宅使用说明书制度的规定》对此类情况作出了特别规定，即住宅保修期从开发企业竣工验收的住宅交付用户使用之日起计算。

综上所述，对于已投入使用的工程，其质保期应自竣工验收合格之日起计算，且应严格遵守《建设工程质量管理条例》中规定的最低保修期限。如有进一步需要，您可以继续咨询我。