责令停业整顿的期限应当按照自然日计算。具体分析如下：

一. 责令停业整顿的期限计算

1. 法律未特别规定：在《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律法规中，并未特别规定责令停业整顿的期限是按照自然日还是工作日计算。
2. 通常理解：在法律没有明确规定的情况下，责令停业整顿的期限通常应理解为自然日，即包括法定节假日和休息日在内。这是因为，责令停业整顿是对违法行为的直接制裁手段，其目的在于暂时停止违法者的生产经营活动，以促使其整改。这种制裁手段的效果并不因节假日或休息日的到来而中断。

二. 实例说明

• 例如，某企业因违法行为被责令停业整顿15天，那么这15天应包括从决定作出之日起的连续15个自然日，无论这期间是否包含节假日或休息日。

综上所述，责令停业整顿的期限应当按照自然日计算。如有进一步需要，您可以继续咨询我。